31.01.1788 — 18.06.1788 — Белый, Сидор Игнатьевич, армии подполковник, кошевой атаман «войска верных казаков».

03.07.1788 — 14.01.1797 — Чепега, Захарий Алексеевич, армии бригадир, кошевой атаман войска верных казаков Черноморских.

21.01.1797 — 29.01.1797 — Головатый, Антон Андреевич, армии бригадир, войсковой судья и впоследствии кошевой атаман Черноморского войска. Один из главных инициаторов воссоздания Черноморского казачьего войска взамен Запорожской сечи. Кошевым атаманом Черноморского войска фактически собственно не был; смерть его похитила прежде, чем он успел получить весть об избрании и утверждении его атаманом. 21 марта 1797 года рескриптом императора Павла I А. А. Головатый, более месяца уже лежавший в могиле, был утверждён в этом звании.

27.06.1797 — 15.11.1799 — Котляревский, Тимофей Терентьевич, генерал-майор, войсковой атаман Черноморского казачьего войска.

22.12.1799 — 23.03.1816 — Бурсак, Фёдор Яковлевич, генерал-майор, войсковой атаман Черноморского казачьего войска.

23.03.1816 — 18.01.1827 — Матвеев, Григорий Кондратьевич, полковник, войсковой атаман Черноморского казачьего войска.

27.01.1827 — 11.11.1830 — Безкровный, Алексей Данилович, генерал-майор, войсковой атаман (с 02.08.1827 — наказный атаман) Черноморского казачьего войска.

11.11.1830 — 09.11.1853 — Завадовский, Николай Степанович, генерал майор (с 06.12.1840 — генерал-лейтенант, с 26.11.1852 — генерал от кавалерии), исправляющий должность наказного атамана (с 25.09.1837 — наказный атаман) Черноморского казачьего войска и с 01.01.1848 — командующий войсками на Кавказской линии и в Черномории.

26.11.1842 — 01.10.1852 — Рашпиль, Григорий Антонович, генерал-лейтенант, начальник войскового штаба, исправляющий должность наказного атамана Черноморского казачьего войска (по другим данным, 26 нояб. 1842 или 8 апр. 1844 — 1/19 окт. 1852).

01.10.1852 — 10.07.1855 — Кухаренко, Яков Герасимович, генерал-майор, начальник войскового штаба, исправляющий должность наказного атамана Черноморского казачьего войска.

06.07.1855 — 12.09.1860 — Филипсон, Григорий Иванович, генерал-майор (с 28.09.1857 — генерал-лейтенант), наказный атаман Черноморского казачьего войска, с 1858 — командующий войсками правого крыла Кавказской линии и временно состоящий в звании наказного атамана Черноморского казачьего войска.

01.10.1860 — 05.05.1861 — Кусаков, Лев Иванович, генерал-майор, начальник штаба, исправляющий должность наказного атамана Черноморского казачьего войска.